Les projets de recherche d’Emmanuelle Six portent sur le décryptage de la hiérarchie de l’hématopoïèse humaine et sur le développement de stratégies thérapeutiques innovantes pour les maladies hématologiques. Elle mobilise une expertise interdisciplinaire à l’interface entre la recherche clinique, la biologie des cellules souches, l’analyse unicellulaire à haute dimension ainsi que l’apprentissage statistique automatique.
Au cours de sa thèse à l’Institut Pasteur, elle a acquis une expertise en biologie cellulaire et moléculaire en étudiant les bases de la voie de signalisation Notch. Lors de son stage postdoctoral à l’hôpital Necker, elle a développé une expérience en hématopoïèse humaine à travers l’identification d’une étape clé de la lymphopoïèse humaine et a mis au point un protocole de production de progéniteurs lymphocytaires T humains utilisant un ligand recombinant de Notch, Delta4, actuellement employé dans un essai clinique visant à accélérer la reconstitution des lymphocytes T (NCT04707300).
Depuis 2009, elle est chargée de recherche Inserm au sein du laboratoire d’immuno-hématopoïèse humaine (laboratoire Cavazzana et André), puis depuis 2025 au sein du laboratoire “Chromatine et régulation génique au cours du développement” (laboratoire Miccio).
Depuis 2016, elle a développé un groupe de recherche, en étroite collaboration avec le département CIC-Biothérapie de Necker, consacré à l’exploration des cellules souches et progéniteurs hématopoïétiques humains (HSPC) dans le contexte de l’inflammation chronique et des essais de thérapie génique. En particulier, ses projets comprennent : (i) l’application de méthodes de criblage pour quantifier un score inflammatoire dans le cadre d’un essai de thérapie génique de la drépanocytose (Drepamir, NCT07432867) ; (ii) le développement d’outils de modélisation statistique pour identifier les principaux biomarqueurs inflammatoires dans les HSPC de patients drépanocytaires, afin de concevoir des thérapies anti-inflammatoires ciblées et optimisées.
En parallèle, elle a développé de nouvelles approches thérapeutiques pour le syndrome auto-immun IPEX, comprenant : (i) une stratégie d’addition génique de FOXP3 ciblant les lymphocytes T pour le traitement de l’IPEX (Theripex, EUCT 2025-523305-15-00) ; (ii) de nouvelles approches d’édition du génome pour le syndrome IPEX. Dans leur ensemble, ces axes de recherche constituent le socle du développement de stratégies thérapeutiques personnalisées pour les maladies hématologiques.
